細胞染色是為了能夠清楚地觀察到目標組織或細胞，這樣更加直觀。
常見的幾種細胞染色的方法及原理：
一、HE染色：
又稱蘇木素-伊紅染色法，其中蘇木素是Hematoxylin，簡稱H，伊紅是Eosin，簡稱E，這是是普通光學顯微鏡觀察與鑒別細胞凋亡與細胞壞死的一種染色方法。
這種方法適用范圍廣泛，對組織細胞的各種成分都可著色，便于全面觀察組織構造，而且適用于各種固定液固定的材料，染色后不易褪色可長期保存。經過HE染色，細胞核被蘇木素染成藍紫色，細胞質被伊紅染色呈粉紅色。
檢驗原理：
蘇木素是堿性染料，藍紫色，可以使細胞核等著色。被蘇木素著色的結構本身為酸性，具有嗜堿性(Basophilic)。
伊紅是酸性染料，粉紅色。可以將大多數細胞的細胞質染成紅色。被伊紅著色的結構本身為堿性，具有嗜酸性(Acidophilic)。不易被蘇木素和伊紅著色的結構具有嗜中性(Neutrophilic)。
二、MASSON染色：
Masson染色是較為常用的結締組織染色法，主要用于膠原纖維和肌纖維的鑒別染色。對酒精性肝硬化/壞死后性肝硬化及各型肝炎導致的小葉匯管區纖維組織增生程度的差別和腎臟疾病的病理診斷具有重要價值。
檢驗原理：
利用兩種或三種陰離子染料混合一起或先后作用完成染色，與陰離子染料分子大小和組織的滲透性有關。根據組織不同的滲透性能，選擇分子大小不同的陰離子的染料進行染色，便可把不同組織成份顯示出來。
